بیمارستان در سال 1297 هجری شمسی و به همت دکتر امیر اعلم به عناون بیمارستان زنان و زایمان شروع به کار کرد. در سال 1322 ه.ش بخش و درمانگاه بیمارستان زنان این بیمارستان به محل کنونی بیمارستان زنان واقع در خیابان انقلاب منتقل شد و به جای آن بخش‌های گوش، حلق و بینی، چشم پزشکی، اطفـال و دندانپزشکی دائر و در سال 1323 بیمارستان امیراعلم نامیده شد. اکنون مجتمع بیمارستانی امیراعلم  دارای بخشهای گوناگونی از جمله بخشهای گوش، حلق و بینی، بخش داخلی(غدد، خون و انکولوژی، بیماریهای عفونی، داخلی کلیه(نفرولوژی)، بیماریهای مغز و اعصاب(نورولوژی)، قلب(کاردیولوژی) و...)، بخش جراحی عمومی، بخش جراحی پلاستیک، بخش آسیب شناسی(پاتولوژی)، بخش تصویربرداری و بخش بیهوشی می باشد. 

در حال حاضر بیش از 800 نفر در این مجتمع بیمارستانی مشغول به کار می باشند که از این تعداد بیش از 60 نفر پزشکان هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی تهران می باشند. مجتمع بیمارستانی امیر اعلم، از چندین ساختمان از جمله ساختمان جدید بیمارستان امیراعلم، ساختمان قدیم بیمارستان امیر اعلم، ساختمان درمانگاه های تخصصی و فوق تخصصی مجتمع، بیمارستان مروستی تشکیل شده است. ساختمان بیمارستانهای جدید، قدیم و درمانگاه های مجتمع در خیابان سعدی و بیمارستان مروستی در خیابان نوفل لوشاتو در نزدیکی سفارتخانه کشور فرانسه واقع شده است.